As origens do castelo de Faro remontam à ocupação romana. Mais tarde, foi reforçado pelos árabes.
A sua construção parece ter sido iniciada, sobre a Alcáçova de origem muçulmana, depois da Reconquista Cristã da Península,
Em 1596, Faro sofre um ataque das forças inglesas, é saqueada e incendiada, tendo que ser alvo de obras de reconstrução ao longo de vários anos.
No século XVII, mais obras fazem a adaptação do castelo e muralhas da cidade, para o uso de artilharia. No século XVIII, o castelo foi quartel do Regimento de Artilharia do Reino do Algarve.
Em finais do século XIX, foi arrendado a uma empresa que o converteu em fábrica de álcool.
Em 1931 instala-se uma fábrica da Companhia Produtora de Malte e Cerveja Portugália. Para abrigá-la, o edifício sofreu novas alterações em altura, entre 1935 e 1940.
As alterações feitas, para funcionar como fábrica, adulteraram muito o castelo, que também foi vítima da abertura de uma rua através das muralhas, a actual Rua do Castelo.
Em 1999, foi adquirido pela C. M. de Faro.
